Podatek VAT co do zasady stanowi wydatek niekwalifikowalny w projekcie.
Podatek VAT może stanowić wydatek kwalifikowalny w ramach projektu tylko wtedy, gdy wnioskodawcy zgodnie z obowiązującym prawodawstwem krajowym, nie przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego lub ubiegania się o zwrot podatku VAT. Posiadanie wyżej wymienionego prawa (potencjalnej prawnej możliwości) wyklucza uznanie wydatku za kwalifikowalny, nawet jeśli faktycznie zwrot nie nastąpił, np. ze względu na niepodjęcie przez wnioskodawcę czynności zmierzających do realizacji tego prawa.
Kwalifikowalność VAT jest badana odrębnie w odniesieniu do każdego z podmiotów zaangażowanych w realizację projektu.
Za posiadanie prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, o którym mowa powyżej, nie uznaje się możliwości określonej w art. 113 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2025 r. poz. 775, z późn. zm.), ani przypadku wskazanego w art. 90 ust. 10 pkt 2 tej ustawy.